De kerncollectie van het Missiemuseum met ruim 15.000 voorwerpen geldt binnen de Nederlandse museumwereld als relatief klein. Voor de collectie heeft het Missiemuseum een team samengesteld met een collectiebeheerder en twee conservatoren en enkele vrijwilligers.
Het collectieplan vloeit voort uit de missie en strategie van het museum. In dit collectieplan geeft Miisiemuseum een beeld van de prioriteiten en doelstellingen die deze ontwikkelingen meebrengen op het gebied van collectievorming, collectiebeheer en het onderzoeken, restaureren, registreren en ontsluiten van de collectie.