Die Sammlung des Missionsmuseums gehört den Steyler Missionaren, der Societas Verbi Divini (SVD), einem 1875 in Steyl gegründeten Missionsorden, der in der ganzen Welt tätig ist (und es auch heute noch ist). Von Anfang an sammelte die Gemeinschaft Objekte aus den Missionsgebieten: naturkundliche und ethnografische Objekte sowie missiologische Objekte. Ziel war es, die Missionsgebiete und deren Menschen besser kennenzulernen, angehende Missionare auszubilden und bei ihren Freunden Unterstützung für die Mission zu gewinnen. Die meisten Gegenstände wurden von Missionaren nach Steyl geschickt. Auch in Europa wurden Objekte erworben.
Das Missionsmuseum wurde 2015 in eine unabhängige Stiftung umgewandelt und ist somit organisatorisch von der SVD getrennt. Das Museum besitzt die Sammlung als Leihgabe der SVD. Dies ist wichtig, da die wichtigsten Entscheidungen über die Sammlung letztlich von der SVD getroffen werden. Das Museum berät aus seiner Kenntnis des Museumsbereichs heraus.
Das Museum und die SVD sind sich der aktuellen Debatte um das koloniale Erbe bewusst. Das Museum wird die kommenden Jahre nutzen, um sich in dieser Diskussion zu positionieren, indem es Provenienzforschung betreibt (von wem und auf welche Weise wurden Objekte erworben) und dem Besucher einen Kontext bietet (welche Position hatte die Mission im kolonialen Projekt, wie und mit welcher Perspektive wurden Objekte gesammelt).
Um in diesen Diskussionen eine Position zu beziehen, ist es sehr wichtig, dies mit den Herkunftsgemeinschaften zu besprechen. Dies ist ein intensiver Prozess: Zunächst muss recherchiert werden, woher die Gegenstände genau stammen und wie sie erworben wurden, dann muss Kontakt zu den Herkunftsgemeinschaften aufgenommen und ein Dialog hergestellt werden. Dies erfordert viel Zeit und Arbeitskraft. Das Missionsmuseum selbst verfügt nur über einen kleinen Mitarbeiterstab, so dass es sich so weit wie möglich mit Initiativen von Universitäten und anderen (großen) Museen vernetzen wird. Der Dialog mit den Gemeinschaften aus den Herkunftsländern in den Niederlanden wird ebenfalls Teil des Prozesses sein.
Im Jahr 2020 veröffentlichte der Rat für Kultur die Stellungnahme Koloniale Sammlungen und Anerkennung von Ungerechtigkeit. Eine ihrer Empfehlungen lautet, gewaltsam geraubte Gegenstände auf Verlangen unverzüglich an das Herkunftsland zurückzugeben. Doch längst nicht alle kolonialen Sammlungen sind geplündert worden. Manchmal wurden sie gekauft, geschenkt, getauscht, oder auf andere Weise erworben. Dies wird von Fall zu Fall zu prüfen und zu behandeln sein. Uns liegen derzeit keine Hinweise darauf vor, dass das Missionsmuseum Kunstwerke geraubt hat.
Wie im Detail die Sammlung des Missionsmuseums erworben wurde, wird in den kommenden Jahren Gegenstand der Forschung sein. In dieser Hinsicht halten sich das Museum und die SVD an den Rat des Kulturrates, wenn es um die Rückgabe oder andere Formen des Dialogs und der Zusammenarbeit mit den Herkunftsländern geht.
Die Präsentation der Objekte im Missionsmuseum ist einzigartig, da sie seit seiner Eröffnung im Jahr 1931 nahezu unverändert ist. Damit ist es ein "Museum im Museum" und von großem kulturgeschichtlichem Wert. Das Museum möchte diesen Wert so weit wie möglich erhalten und nicht zu sehr in die Ausstellung eingreifen. Das Museum ist sich jedoch der Weltanschauung und der Ansichten der damaligen Zeit bewusst, die in der Ausstellung zumeist implizit zum Ausdruck kommen. Das Museum sieht es als seine Pflicht an, diesen Hintergrund deutlich zu machen und dem Besucher den historischen Kontext zu vermitteln. Es handelt sich nicht um eine "wertfreie" Ausstellung, sondern um eine Präsentation, die auch die Gedanken der Zeit unterstreicht. Ein Gedankengut, das weder das Museum noch die SVD heute noch teilen.